多肽合成中活潑的側(cè)鏈基團(tuán)要加以永久性的保護(hù)，使其在a-氨基的脫保護(hù)反應(yīng)和氨基酸縮合反應(yīng)中保持穩(wěn)定。它們的這種永久性保護(hù)與a-氨基的暫時(shí)性保護(hù)配套形成正交保護(hù)，待所有縮合反應(yīng)完成后再將保護(hù)基團(tuán)在一定的條件下脫除。Fmoc-氨基酸的側(cè)鏈保護(hù)基應(yīng)在堿性條件下穩(wěn)定，在酸性條件下(TFA)脫除。以下是各個(gè)不同的氨基酸側(cè)鏈常用的保護(hù)基團(tuán)。

    1、天冬氨酸(Asp）和谷氨酸（Glu）

    Asp和Glu側(cè)鏈羧基常用tBu保護(hù)。可用TFA，TMSBr等脫除。但是用tBu保護(hù)仍有側(cè)鏈環(huán)化形成酞亞胺的副反應(yīng)發(fā)生。近年來發(fā)展了一些新的保護(hù)基如環(huán)烷醇酯、金剛烷醇酯等可減輕這一副反應(yīng)，這些保護(hù)基可用三氟甲磺酸三甲硅烷酯(TMSOTf）除去。

    2、絲氨酸（Ser）、蘇氨酸（Thr）和酪氨酸（Tyr）

    絲氨酸（Ser）、蘇氨酸（Thr）和酪氨酸（Tyr）的羥基Tyr的酚羥基通常用叔丁基(tBu)保護(hù)。

    3、天冬酰胺（Asn）和谷氨酞胺（Gln）

    Asn和Gln的a-羧基活化時(shí)可能會(huì)發(fā)生分子內(nèi)脫氫反應(yīng)生成氰基化合物。堿性時(shí)Gln的側(cè)鏈可以環(huán)化生成酰胺，為避免這些問題，可以用9-咕噸基，2,4,6-三甲氧卞基，4,4'-二甲氧二苯甲基或三苯甲基(Trt)等保護(hù)，這四種基團(tuán)均可用TFA脫除。

    4、組氨酸（His）

    His是最容易發(fā)生消旋化的氨基酸，Boc基團(tuán)是一個(gè)較理想的保護(hù)基，降低了咪唑環(huán)的堿性，抑制了消旋。

    5、半胱氨酸（Cys）

    CyS的-SH具有強(qiáng)親核性，易被酰化成硫醚，也易被氧化為二硫鍵，常用保護(hù)基有二類：一類用TFA可脫除，如對甲芐基、對甲氧芐基和二苯甲基等；第二類可用(CF3CO)3T1 / TFA脫除，對TFA穩(wěn)定。如tBu,  Bom和乙酰胺甲基等，第三類對弱酸穩(wěn)定，如芐基和叔丁硫基(StBu)等，CyS(StBu)可用琉基試劑和磷試劑還原，CyS（BZl）可用Na/NH3脫保護(hù)。

    6、精氨酸（Arg）

    Arg的胍基具有強(qiáng)親核性和堿性，必須加以保護(hù)。理想的情況是三個(gè)氮都加以保護(hù)，實(shí)際上保護(hù)1或2個(gè)胍基氮原子。保護(hù)基分四類:硝基、烷氧羰基、磺?；腿郊谆?。

    7、賴氨酸（Lys）

    Lys ε -NH3必須加以保護(hù)。但與a-NH3的保護(hù)方式不同，該保護(hù)基要到肽鏈合成后除去。ε -NH3的保護(hù)無消旋問題，可以采用?；Ｗo(hù)基，其它常用的保護(hù)基有芐氧碳基和Boc。