多肽合成需要考慮多肽的長度，電荷，親疏水性等因素。長度越長，合成粗品的純度和產(chǎn)率都隨著降低，純化的難度和無法合成的幾率就會(huì)大些。當(dāng)然多肽功能區(qū)的序列是無法改變的，但是為了多肽的順利合成，有時(shí)不得不在功能取的上下游增加一些輔助氨基酸，以改善多肽的溶解性和親疏水性。如果多肽太短，合成也可能有問題，主要問題是合成的多肽在后處理過程中有一定的難度，5肽以下的多肽，一般要有疏水的氨基酸，否則后處理難度加大。15個(gè)氨基酸殘基以下的多肽一般都可以得到滿意的產(chǎn)率和得率。