化學(xué)合成的多肽抗原是小分子， 本身很難具有好的抗原性，只能誘導(dǎo)動物產(chǎn)生很弱的免疫反應(yīng)，因而與載體蛋白交聯(lián)是很重要的。載體蛋白含有很多抗原決定基，能夠刺激T－幫助細(xì)胞，進(jìn)而誘導(dǎo) B－細(xì)胞反應(yīng)。用于與多肽交聯(lián)的載體蛋白有多種，其中最常用的是keyhole limpet hemacyanin (KLH), 牛血清白蛋白（bovine serum albumin，BSA）, 卵清蛋白（ovalbumin，OVA）和牛甲狀腺球蛋白（bovine thyroglobulin，THY)。KLH具有更高的抗原性，是最為常用的多肽交聯(lián)載體。BSA也常用來作為多肽載體，但由于BSA經(jīng)常被用做檢測試驗的阻斷劑而使得該方法生產(chǎn)的抗體在應(yīng)用上存在著一定的局限性。 
       設(shè)計合成性多肽常常被忽略的一個方面是如何將多肽交聯(lián)到載體蛋白上。例如，N－端序列需要通過C－端氨基酸交聯(lián)，而C－端序列則需要通過N－端氨基酸交聯(lián)。內(nèi)部序列則可以交聯(lián)到任何一端。內(nèi)部序列交聯(lián)的另一考量則是將非共軛端酰基化或氨基化，因為原蛋白分子序列中不會含有帶電荷的末端。最常用的交聯(lián)方法都是基于自由氨基(alph-氨基 或 Lys)、sufhydryl (Cys)或羧基集團(tuán)(Asp, Glu, 或 alpha-羧基)的存在。所有的交聯(lián)方法都應(yīng)該是通過羧基或氨基端殘基將多肽交聯(lián)到載體蛋白上。所選序列不能有多個殘基都能參與所選交聯(lián)化學(xué)反應(yīng)。如果多個反應(yīng)位點存在，可以考慮將多肽序列縮短，或者選擇所有反應(yīng)位點都位于一端的多肽。對于內(nèi)部序列通常會使用離所預(yù)測抗原位點較遠(yuǎn)的一端進(jìn)行交聯(lián)，這樣可以避免可能的屏蔽問題。