鑒于多肽分子主要是由各種氨基酸構(gòu)成，單純運用有機化合物結(jié)構(gòu)研究常用的一些方法例如紫外光譜、紅外光譜、核磁共振譜等來解析多肽的結(jié)構(gòu)可能有一定的困難；一般而言，氨基酸組成分析、質(zhì)譜、氨基酸序列測定等對其結(jié)構(gòu)確證有重要意義。

氨基酸組成分析可說明多肽的組成是否正確；質(zhì)譜可以提供分子量以及序列信息。上述兩項數(shù)據(jù)除用于證明多肽的結(jié)構(gòu)外，還能在一定程度上反映測試樣品的純度（是否含有合成雜質(zhì)）。氨基酸序列測定可以直觀地說明氨基酸的連接順序是否正確，對于說明合成多肽的結(jié)構(gòu)尤其是中、長肽的結(jié)構(gòu)有非常重要的價值。

在進行多肽藥物的結(jié)構(gòu)研究時，應(yīng)注意結(jié)合多肽的合成工藝（包括中間體的結(jié)構(gòu)研究）、多肽的分子大?。òńM成多肽的氨基酸數(shù)量和種類）、擬解決的結(jié)構(gòu)問題、各種測試方法所能提供的結(jié)構(gòu)信息等，綜合考慮選用合適的研究方法。

 對于具有一定空間結(jié)構(gòu)才能發(fā)揮其活性的多肽，應(yīng)進行必要的立體化學(xué)研究。

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