除了少數(shù)疏水肽（如淀粉樣蛋白中的Amyloidβ片段肽等）以外，多數(shù)肽分子往往具有許多極性側(cè)鏈基團(tuán)，如-OH、-NH2、-COOH等，它們可以與水分子形成氫鍵締合或與正、負(fù)離子形成極性區(qū)……。所以很多肽化合物均具有水溶性。應(yīng)該指出的是，在肽的合成過程中作為中間體的有關(guān)肽片段是處于側(cè)鏈基團(tuán)及端基（氨基或羧基）被保護(hù)的狀態(tài)存在的，它們一般是不溶于水，而溶于有機(jī)溶劑的。只有當(dāng)合成結(jié)束，各種保護(hù)基團(tuán)被脫除，相應(yīng)的極性功能基被游離以后，得到的游離肽才具有水溶性，由此往往伴隨著純化的困難（解決辦法詳見下文）。

研究表明，存在肽與蛋白質(zhì)中的二十種氨基酸殘基的水溶性相對系數(shù)（以Gly為0）按下列順序遞增，因此分子中含Lys、Glu、Asp、Arg、Ser等殘基越多的肽，水溶性就越強(qiáng)。