問：多肽的兩端應(yīng)如何處理？是保持自由狀態(tài)還是屏蔽起來？ 

答：多肽是用來模擬蛋白的，為了模仿蛋白的表現(xiàn)，我們需要合成與蛋白有相似的結(jié)構(gòu)和電荷的多肽。當(dāng)一條肽段從一個(gè)蛋白中“切出”之后，兩端的電荷數(shù)將與基因體蛋白有差異。我們需要改變合成策略來使他們一致。 總體而言： 如果是出自蛋白C端的序列，通過乙?；瘜端屏蔽； 如果是出自蛋白N端的序列，通過酰胺化將C端屏蔽； 如果是出自蛋白中間部分，用乙酰化和酰胺化將兩端都屏蔽。 

問：如果我的肽純度是95%，那么，其余的5%都是些什么物質(zhì)？ 

答：多肽的純度通常是通過HPLC，用每分鐘1%的標(biāo)準(zhǔn)乙晴梯度來檢測(cè)決定的。合成過程中，氨基酸之間的交聯(lián)效率不是總能達(dá)到100%，因而產(chǎn)生一系列的氨基酸缺失的雜質(zhì)。大多數(shù)這樣的氨基酸缺失的雜質(zhì)在純化過程中都被去掉了，但有少數(shù)的雜質(zhì)其色譜表現(xiàn)與目標(biāo)多肽很相近。這些氨基酸缺失的雜質(zhì)肽留在了多肽樣品中就構(gòu)成了余下的幾個(gè)百分點(diǎn)。

問：如何重新溶解多肽？ 

答：多肽的溶解與多肽的序列相關(guān)，首先試蒸餾水和超聲（1-10MG/ML），如果不溶，計(jì)算肽中的堿性殘基（Lys,Arg,His和自由氨基端）和酸性殘基（Gly,Asp和自由羧基端）的數(shù)目。如果堿性基團(tuán)偏多，可以滴加1N的醋酸，直到溶解為止，如果酸性基團(tuán)居多，滴加1N的氨水，直到溶解為止。如果在實(shí)驗(yàn)中需要用緩沖液，建議在多肽完全溶解之前不要加入鹽，因?yàn)辂}會(huì)使肽的溶解度降低。如果上述溶液中肽都不溶，可以試試用少量有機(jī)溶劑如DMSO，乙晴或DMF。