由于肽化合物的結(jié)構(gòu)及理化性質(zhì)的特點(diǎn)，用于定性及定量分析普通有機(jī)化合物的許多常規(guī)方法均不適合對(duì)肽的分析。例如，肽分子量在800或1000Da以上時(shí)，很難有明確的熔點(diǎn)；同樣，除了含4~5個(gè)以下殘基的小肽外，絕大多數(shù)肽的結(jié)構(gòu)中含有大量化學(xué)環(huán)境很相似的H2N-、-CONH-及飽和C、H原子，因此元素分析的數(shù)據(jù)沒有實(shí)際意義；同樣，紅外光譜及核磁共振譜中的1HNMR及13CNMR的數(shù)據(jù)也很難逐一歸屬。因此，多肽化合物作為藥物時(shí)一般不以上述分析數(shù)據(jù)為純度及結(jié)構(gòu)確證的依據(jù)。

應(yīng)該指出的是在多肽分子的立體化學(xué)分析方面，越來越多地采用旋光色散（ORD）、圓二色散（CD）及二維核磁共振譜進(jìn)行分析。它們可以深入地闡明肽鍵的二級(jí)以至三級(jí)結(jié)構(gòu)。這些研究對(duì)分析肽的立體化學(xué)尤其是整體構(gòu)象與生物活性之間的關(guān)系是很有意義的，但在藥品質(zhì)量評(píng)審上尚不被列入標(biāo)準(zhǔn)。詳細(xì)的肽立體化學(xué)與IR、UV、ORD及CD分析的關(guān)系已在彭師奇教授的<<多肽藥物化學(xué)>>一書均有描述，此處不再重復(fù)。下面僅就適于肽化合物質(zhì)量控制的幾種必須的分析形勢(shì)予以簡(jiǎn)介。

① 質(zhì)譜（MS）分析

由于紅外、紫外及核磁共振分析對(duì)大分子量肽化合物質(zhì)控中的作用不明顯，分子量檢測(cè)對(duì)肽的質(zhì)量控制就顯得格外重要。因?yàn)殡逆溤谝话愕馁|(zhì)譜轟擊條件下很容易斷開，很難得到完整的分子峰，所以常常用條件溫和的FAB-MS、ESI-MS……等方式進(jìn)行肽化合物的質(zhì)譜分析。從一張合格的MS分析圖譜上不但可以證明產(chǎn)物的分子量，而且也可從其他雜峰的存在與否評(píng)價(jià)主產(chǎn)物的純度。

② HPLC分析

肽分析中的AAA及MS數(shù)值主要用在結(jié)構(gòu)證明即定性方面。只有進(jìn)行HPLC分析才能得知肽產(chǎn)物的具體純度。應(yīng)該注意的是，主峰的保留時(shí)間（R.T.）不宜過短（如〈5min）。這種情況下，一些雜質(zhì)峰（如果存在的話）可能與主峰并在一起。因此，主峰RT值適中的分離條件是質(zhì)檢的合理?xiàng)l件。HPLC分析的另一功用是也可以定性。當(dāng)合成肽為已知物（如仿制藥），就可以與標(biāo)準(zhǔn)品進(jìn)行各自注射比較及混和同注射（co-injection）比較，情況類似有機(jī)小分子的TLC分析。

③ 序列分析

肽的一級(jí)結(jié)構(gòu)除了各殘基的含量組成外，各殘基之間鍵合的順序是必須要加以證明的。例如下面兩個(gè)肽:H-Arg-Lys-Asp-Val-Tyr-OH……（A）,H-Tyr-Arg-Val-Asp-Lys-OH……（B）它們的結(jié)構(gòu)組成相同，因而AAA值及MW均一樣。（當(dāng)然，他們?cè)贖PLC分析中的R.T.不同）其中A肽是具有免疫調(diào)節(jié)活性的胸腺五肽（TP5），已廣泛用于臨床。而B肽卻沒有什么生物活性。因此肽的序列連接情況不同，其理化性質(zhì)及生物活性有很大區(qū)別。值得指出的是，從動(dòng)、植物及人體分離出的肽必須進(jìn)行序列分析，作為結(jié)構(gòu)測(cè)定的重要依據(jù)之一。但化學(xué)合成的肽則不需要序列分析。因?yàn)楹铣晒に囍械姆磻?yīng)路線已經(jīng)把各殘基的連接順序明確了，不可能出現(xiàn)上述A肽與B肽共存的情況。

④ 比旋光度[α]

除了Gly殘基以外，經(jīng)典肽中的每個(gè)單體中均含有手性C原子，因此每個(gè)肽化合物均有特定的[α]值。在相對(duì)分子質(zhì)量為500以下的寡肽分子中一級(jí)結(jié)構(gòu)為主體，因此其[α]值是必須的質(zhì)量依據(jù)之一。但當(dāng)肽鏈長(zhǎng)度達(dá)八個(gè)殘基（有的文獻(xiàn)認(rèn)為六個(gè)殘基）以上時(shí)就開始出現(xiàn)了二級(jí)以上的結(jié)構(gòu)。此時(shí)每個(gè)殘基中的α-C（即手性C）原子對(duì)整個(gè)分子的旋光貢獻(xiàn)也不是僅有的因素了。分子內(nèi)的二或三級(jí)結(jié)構(gòu)會(huì)給肽分子帶來新的不對(duì)稱環(huán)境，而且這些不對(duì)稱性又往往與濃度、分子間締合程度、溶劑及溫度等因素有關(guān)。例如，生長(zhǎng)抑素十四肽（Somatostatin14）的[α]值在不同批號(hào)之間竟相差20度之多。因此，在各國(guó)的藥典及新藥質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)中已不把[α]值作為必要的內(nèi)容。

⑤ 氨基酸組成的分析（AAA）

它可以準(zhǔn)確地表達(dá)肽鏈殘基種類數(shù)量的構(gòu)成。因?yàn)槿绻铣芍心骋徊交驇撞娇s合不完全，就可能導(dǎo)致殘缺肽（delation peptides）存在。尤其是固相合成方式，這些殘缺肽不可能被及時(shí)清除，往往在最終裂解后與目標(biāo)肽混在一起。而且因理化性質(zhì)與目標(biāo)肽很接近而難以完全分開。此時(shí)AAA值提供的各種氨基酸之間含量比就可以判斷出殘缺肽的存在及哪種殘基被丟失了。一般的標(biāo)準(zhǔn)為各氨基酸之間的整數(shù)比誤差在5%之內(nèi)是允許的。