首尾相搭多肽矩陣（Overlapping Peptide Library): 主要用于全蛋白掃描。首尾相搭的多肽矩陣是用于篩選線性或連續(xù)性表位的一種常用手段。這種肽庫的設(shè)計(jì)主要由肽長(peptide length)和步移(offset number) 兩個(gè)關(guān)鍵參數(shù)決定。蛋白從N端開始，逐步向C端截取設(shè)計(jì)后，最后很有可能會(huì)剩下一條孤肽(Orphan peptide)，我們建議一般是將N端轉(zhuǎn)移一個(gè)或者幾個(gè)氨基酸過來，以保持一致長度。

截頭多肽矩陣（Truncation Peptide Library）: 用于確定表位的最小范圍。截頭多肽矩陣的建立方法一般是系統(tǒng)性地去除原多肽序列兩側(cè)氨基酸而得到的。頭多肽矩陣用于鑒定與活性有關(guān)的最少氨基酸序列。

Ala篩選矩陣(Alanine Peptide Scanning Library): 用于鑒定多肽各位點(diǎn)對(duì)生物活性的影響。Ala被系統(tǒng)性地、依次地替代多肽序列中的每一個(gè)氨基酸。通過Ala篩選肽庫以辨出某一特定氨基酸對(duì)整個(gè)蛋白結(jié)構(gòu)、功能和其他生物活性的影響。

隨機(jī)多肽文庫（Random Peptide Library）: 此多肽文庫的設(shè)計(jì)是以20種天然氨基酸通過鳥槍式法（shotgun approach）同時(shí)地、隨機(jī)地取代被選擇的氨基酸殘基。澤溪源的隨機(jī)多肽文庫在被選擇的氨基酸中構(gòu)建了盡可能多的突變。這類文庫中的替代肽有可能是增強(qiáng)多肽活性的。

Scrambled Peptide Library: 此類型庫的設(shè)計(jì)是基于原有多肽氨基酸序列的內(nèi)部置換。它是突變程度最高的多肽文庫，被攪亂的多肽通常被用于作為陰性對(duì)照證實(shí)某一特定序列是蛋白功能或活性的關(guān)健。它也是一個(gè)用來發(fā)現(xiàn)新目標(biāo)的隨機(jī)篩選工具。

單位點(diǎn)掃描矩陣(Positional Scanning Peptide Library)： 用于序列改造以提高多肽活性。多肽某個(gè)選定的區(qū)域或位點(diǎn)被系統(tǒng)地用其他氨基酸替換，這類肽庫有助于研究人員發(fā)現(xiàn)在某個(gè)特定位置上具有特殊影響或活性的特定區(qū)域。